W roku 1888 katolicka parafia w Szczecinie zakupiła ziemię pod budowę kościoła, 24 maja tego samego roku położono kamień węgielny, a już 30 września 1890 dokonano konsekracji kościoła. Autorem projektu był architekt Engelbert Seibertz z Berlina. Poświęcenia kościoła dokonał arcybiskup wrocławski, ks. kard. Jerzy Kopp (Georg von Kopp). Do roku 1931 (kiedy poświęcono nieistniejący dziś kościół Chrystusa Króla na Łasztowni) kościół św. Jana Chrzciciela był jedynym kościołem rzymskokatolickim w Szczecinie. Część wiernych stanowili Polacy, do 1914 opiekował się nimi polski wikariusz, ksiądz Wojdas. Co czwartą niedzielę odbywały się tu nabożeństwa w języku polskim. Podczas wojny w 1944 spłonął dach kościoła, hełm wieży i dzwonnica. Zniszczeniu uległy również sklepienia. W czasie wojny miała miejsce skierowana przeciw szczecińskim katolikom akcja Gestapo Fall Stettin, w czasie której zamordowano trzech księży i aresztowano wielu wiernych.