Ołtarz główny poświęcony Matce Bożej Królowej Polski jest powojenny i pochodzi z lat 1960–1961, z oryginalnego wyposażenia zachowały się m.in. neogotyckie ołtarze boczne, ambona i witraże. W lewej nawie bocznej znajduje się tablica poświęcona poległym w I wojnie światowej 111 parafianom – duża część nazwisk jest polska. W 1994 wmurowano w lewym skrzydle transeptu dwujęzyczną, polsko-niemiecką tablicę poświęconą pamięci aresztowanych w 1942 przez gestapo, a później torturowanych i zamordowanych niemieckich duchownych katolickich ze Szczecina.
W 2008 roku papież Benedykt XVI przyznał kościołowi pw. św. Jana Chrzciciela w Szczecinie honorowy tytuł bazyliki mniejszej.
Sanktuarium Matki Bożej Zwycięskiej Królowej Polski thumb|Ołtarz boczny z koronowanym wizerunkiem|lewo W bazylice rozwija się kult Matki Bożej Zwycięskiej Królowej Polski, związany z czczonym wizerunkiem będącym wierną kopią obrazu jasnogórskiego, autorstwa Leonarda Torwirta. Obraz został przekazany świątyni z inicjatywy prymasa Stefana Wyszyńskiego i uroczyście wprowadzony 6 grudnia 1959 roku przez biskupa Jerzego Strobę. Od tego czasu stanowi centrum lokalnego kultu maryjnego.