Już 13 sierpnia 1850 system ten zreformowano poprzez przywrócenie mu cywilnego charakteru. Dotychczasowe okręgi cywilne zniesiono, a okręgi wojskowe zmieniono w cywilne, dzielące się na komitaty. 19 stycznia 1853 dokonano kolejnej reformy – okręgi przemianowano na gubernatorstwa zarządzane przez komisarzy i spod ich kompetencji wyjęto sądownictwo. 20 października 1860 przywrócono administrację sprzed 1848, jednak w 1863 ponownie zniesiono samorząd.
1867–1918 Nowożytne Królestwo Węgierskie wprowadziło podział administracyjny we współczesnym rozumieniu. Pozostawiono podział na komitaty w tradycyjnych granicach. Komitaty były jednostkami samorządu – już nie tylko szlachty, lecz również pozostałych mieszkańców komitatu. Władze centralne jednak stopniowo uszczuplały kompetencje samorządów komitackich. Stopniowo ujednolicono strukturę administracyjną państwa: w 1868 ostatecznie włączono w skład Węgier Siedmiogród, w 1873 zniesiono Pogranicze Wojskowe, którego tereny włączono do Węgier i Chorwacji. W 1868 uregulowano status Fiume (dzisiejszej Rijeki) jako samodzielnej węgierskiej enklawy w Chorwacji.