W monarchii habsburskiej, obejmującej zachodnią i północną część dawnych Węgier, pozostawiono system komitatów jako jednostek samorządu szlacheckiego, jednak stopniowo ograniczano ich samodzielność, sprowadzając je do roli okręgów administracji centralnej. Już w 1547 r. cesarz wprowadził obok systemu komitatów podział administracyjny na tzw. kapitanaty generalne (főkapitányságok) – jednostki scentralizowanej administracji wojskowej z pewnymi kompetencjami cywilnymi. Na początku powołano dwa kapitanaty: przeddunajski (na ziemiach dzisiejszej Słowacji) i zadunajski (w pozostałej części Węgier habsburskich). Kapitanaty podlegały dalszym podziałom. W 1606 było ich już sześć: „Górne Węgry” (dzisiejsza wschodnia Słowacja i Zakarpacie), powstały w 1563, „zadunajski i górniczy” (zachodnia i środkowa Słowacja), powstały w 1563, „między Dunajem i Balatonem” (dzisiejszy Burgenland i północno-zachodnie Węgry), „między Balatonem i Drawą” (dzisiejsze pogranicze Austrii, Węgier i Słowenii), „chorwacki” (Slawonia), „Vend”.
W latach 1553 i 1578 wzdłuż południowej granicy Królestwa utworzono podległą bezpośrednio cesarzowi specjalną jednostkę o charakterze marchii – Pogranicze Wojskowe.