W późniejszych latach (w XIX w.) kościół zamknięto z powodu złego stanu technicznego. Przez długi czas (aż do remontu) był zamknięty, ponieważ groził zawaleniem (do dziś niektóre filary w kościele są wyraźnie odchylone od pionu [zdjęcie]). Dzięki badaniom niemieckiego historyka i konserwatora prof. Hugo Lemckego, w latach 20. i 30. XX wieku przeprowadzono w kościele prace konserwatorskie, które uchroniły obiekt przed zniszczeniem. Po pracach zabezpieczających kościół stał się halą targową i magazynem rekwizytów teatralnych. Stare zabudowania klasztorne rozebrano w 2. połowie XIX w.
Po II wojnie światowej nie był użytkowany. Budynek został przekazany przez władze miejskie kościołowi 15 grudnia 1956, a 16 czerwca 1957 przejęli ją księża pallotyni i w latach 1957-1958 przeprowadzono kapitalny remont obiektu po zniszczeniach wojennych. W czasie prac usunięto tynki wewnętrzne, odsłaniając gotycką konstrukcję oraz dekoracje figuralne na wspornikach, a także fragmenty późnogotyckich malowideł. Kościół poświęcono 15 listopada 1959 lub 24 listopada 1957. 17 marca 1974 erygowano parafię pw. św. Jana Ewangelisty.
W miejscu rozebranego klasztoru, na starych fundamentach wzniesiono zabudowania klasztorne według projektu dr inż. arch. Stanisława Latoura, staraniem ks.