Po tamtym turnieju Murray zajmował 122. miejsce w rankingu. Szkot wziął udział w eliminacjach do US Open. Zakończył je na drugiej rundzie, rozgrywając dwa pięciosetowe mecze. 29 września Andy Murray ostatecznie wszedł do pierwszej setki rankingu ATP, kiedy to pokonał Robina Söderlinga podczas turnieju Thailand Open. Wtedy także młody zawodnik doszedł po raz pierwszy do finały turnieju rangi ATP pokonując w półfinale faworyta gospodarzy Paradorna Srichaphana. W finale został pokonany przez pierwszą rakietę świata, Szwajcara – Rogera Federera. Po tym turnieju zanotował kolejny awans – tym razem na 72. miejsce.
Murray powrócił do gry po krótkiej kontuzji i wziął udział w halowym turnieju Davidoff Swiss Indoors. W pierwszej rundzie został przydzielony swojemu rodakowi – Timowi Henmanowi. Było to pierwsze spotkanie pomiędzy tymi dwoma tenisistami. Andy Murray pokonał Henmana 6:2, 5:7, 7:6(4). Następnie wyeliminował w trzech setach Czecha Tomáša Berdycha. Turniej skończył się dla niego w pojedynku ćwierćfinałowym, w którym to przegrał z rakietą numer 10 – Fernando Gonzálezem 6:4, 3:6, 6:1. Po tym turnieju Szkot po raz kolejny awansował. Tym razem wskoczył na 65. miejsce.