Zamoyskiego ostro krytykował na sejmie koronacyjnym, a względem pokonanych zalecał łaskawość. Opaliński był w 1598 jednym z komisarzy traktujących w Będzinie i Bytomiu o pokój z Habsburgami i tegoż roku na zjeździe senatorów w Piotrkowie razem z prymasem bronił króla przed atakami Zamoyskiego. Walnie przyczynił się do tego, że posłowie odrzucili na sejmie pacyfikacyjnym 1589 przygotowany przez Zamoyskiego projekt reformy elekcyjnej i teraz miał mocną pozycję na dworze. W 1592 Wielkopolanie dzięki jego zabiegom wypowiedzieli się przeciw detronizacji, a sejm inkwizycyjny tego samego roku zamiast osłabić, pozycję króla umocnił.
Opaliński był gorliwym protektorem jezuitów, zwłaszcza poznańskich Dziedzic, Radlina i Włoszakowic, trzymał królewszczyzny: Kcynię, Nakło, Śrem, Gniezno, Kopanicę, Kolo, Rogoźno, a w Małopolsce: Leżajsk, Rohatyn, Krasnystaw. Zmarł 3 marca 1593 na zamku poznańskim, a pochowany został w Radlinie.
Z zaślubionej w 1560 Katarzyny Kościeleckiej miał synów: Piotra, krajczego koronnego, Andrzeja, bpa poznańskiego, Łukasza, marszałka wielkiego koronnego oraz córki: Zofię, żonę J. Leszczyńskiego, Gertrudę, żonę S. Rydzyńskiego, później M. Ostroroga Lwowskiego i wreszcie J. Firleja, Jadwigę, żonę P. Myszkowskiego i Katarzynę, zakonnicę.