Reformacja w XVI wieku zmieniła Stralsund w miasto ewangelickie.

W XV wieku wypędzono Żydów z Pomorza i Meklemburgii. W 1757 roku panujący wówczas w Stralsundzie król szwedzki pozwolił na ich ponowne osiedlenie się. W 1786 roku Żydzi rozpoczęli budowę synagogi; 30 marca 1787 roku została ona poświęcona. Żydowscy kupcy wnieśli wiele innowacyjnych idei do handlu miejskiego. W 1875 roku bracia Wertheim zbudowali pierwszy dom towarowy w Stralsundzie. 14 sierpnia 1879 roku Leonard Tietz otworzył niewielki sklep, który wkrótce zamienił się w znany koncern „Kaufhof”. Po dojściu Hitlera do władzy w 1933 roku do wiary żydowskiej przyznawały się 134 osoby. W 1939 były to już tylko 62. Jedynie dwóch Żydów, którzy przeżyli faszystowski terror, powróciło do Stralsundu.

Po II wojnie światowej Stralsund znajdował się w granicach radzieckiej strefy okupacyjnej. Polityka sowiecka próbowała odsunąć ludność od wpływów kościoła, m.in. poprzez rygorystyczne potępienie religii w wychowaniu szkolnym. W latach 1949–1989 odsetek protestantów wśród mieszkańców miasta spadł z 90% na około 20%. Obecnie około 75% ludności Stralsundu nie należy do żadnej wspólnoty wyznaniowej.