Historia MSI został zaprojektowany przez Towarzystwo Projektowe: Grzegorz Niwiński, Jerzy Porębski, Michał Stefanowski (we współpracy z Martą Kusztrą, Konradem Majkowskim i Albertem Salamonem) w latach 1996–1998, a zrealizowany w latach 1997–2002. Ustanowiono go uchwałą nr 389/XXXVI/96 z dnia 19 września 1996 r. Rady Gminy Warszawa-CentrumUchwała Nr 389/XXXVI/96 Rady Gminy Warszawa-Centrum... Na mocy tej uchwały wprowadzony został również podział Gminy Centrum na obszary, których nazwy widnieją na czerwonych panelach elementów Miejskiego Systemu Informacji (często mylnie kojarzonych przez mieszkańców jako nazwy osiedli).
W przypadku Starego Miasta i Traktu Królewskiego kolor niebieski na tablicach zastąpiono brązowym.
Z biegiem lat, podczas wdrażania Systemu w całej Warszawie, kolejne jej gminy (obecnie dzielnice) dokonywały analogicznych podziałów.
MSI jest zarządzany przez stołeczny Zarząd Dróg Miejskich.
Elementy oznakowania Oznakowanie MSI jest przedstawione głównie na charakterystycznych, niebiesko-czerwonych tablicach i tabliczkach.