Po wyleczeniu wyruszają w dalszą drogę, nowym pojazdem, który posiadała pobliska grupa rebeliantów. Dojeżdżają do bazy White Forest, gdzie wita ich Dog. Niedługo po przybyciu, następuje atak Kombinatu, który dostał się do bazy przez otwarty właz silosu drugiego (White Forest posiadała dwa silosy, w pierwszym znajdowała się konstruowana przez Dr. Magnussona i Dr. Kleinera rakieta). Po jego zamknięciu Gordon wraca do reszty bohaterów. Doktor Kleiner i dr Eli Vance dowiadują się, że oprócz danych na dysku zamieszczone są współrzędne statku Borealis na którym znajdują się wyniki badań i projekty firmy Aperture Science. Eli mówi, że Borealis musi zostać zniszczony ponieważ nie chce, aby powtórzyły się wydarzenia z Black Mesy. Dr. Kleiner ma odmienne zdanie i mówi, że ta wieloletnia praca nie może pójść na marne oraz może pomóc w ostatecznym zniszczeniu Kombinatu (na pokładzie Borealisa znajduje się ponoć potężna broń). Kiedy Alyx przekazuje wiadomość od G-Mana, Eli słabnie i wysyła ją po herbatę. Wtedy wyznaje na osobności Gordonowi, że też zna G-Mana i ostatni raz słyszał go na moment przed wypadkiem w Black Mesa.