Po powrocie z poselstwa złożył z niego sprawozdanie na sejmie walnym w Warszawie w 1597. Podczas obrad sejmu opowiedział się za szybkimi przygotowaniami obronnymi przeciw zagrażającemu atakowi Szwedów. Na sejmiku pruskim w Grudziądzu w 1597 wybrano go szafarzem uchwalonego podatku. W latach 1600 i 1601 był wybierany przez szlachtę województwa chełmińskiego na posła na sejmik pruski i jednocześnie na posła na sejm walny. Jako poseł województwa chełmińskiego na sejm walny w 1601 przedstawił królowi Zygmuntowi III skargę na złamanie przywilejów przez nominowanie Wawrzyńca Gembickiego na biskupa chełmińskiego, gdy biskupstwo to powinien otrzymać indygena z Prus. W 1602 roku otrzymał starostwo tolkmickie. W 1606 roku ponownie został posłem na sejm koronny z województwa chełmińskiego. Pod koniec 1611 otrzymał starostwo rogozińskie i został wojewodą malborskim. Również w 1611 roku został wybrany przez sejm warszawski na komisarza do komisji do Prus Książęcych. Razem z pozostałymi komisarzami udał się do Królewca wiosną 1612. Komisarze wprowadzili Jana Zygmunta Hohenzollerna w lenno. W grudniu 1613 roku sejm walny uchwalił środki na pokrycie żądań konfederacji żołnierskich powstałych po wojnie z Moskwą. Sejm powołał cztery komisje do spraw wypłat. Stanisław Działyński wszedł do komisji przeznaczonej do Bydgoszczy.