Spadek. Gra w niższych ligach. Odbudowa (2000–2010) W sezonie 1999/2000 drużyna opuściła ekstraklasę, a w kolejnym (pierwszoligowym sezonie) została zdegradowana do grupy północnej II ligi, zajmując 15 miejsce (wyżej Zastal był tylko od również zdegradowanej wtedy Astorii Bydgoszcz). Problemy finansowe sprawiły, że Zastal po raz pierwszy w historii spadł do III ligi.
Dnia 23 lipca 2001 roku powołało do życia Sportową Spółkę Akcyjną Grono, która – po aprobacie PZKosz oraz porozumieniu z Klubem Sportowym Zastal – przejęła prawo do gry w II lidze koszykówki mężczyzn pod nazwą Zastal Zielona Górahttp://www.kosz.sport24.pl/kluby/show/613.. W sezonie 2001/2002 drużyna powróciła do I ligi, w której rywalizowała przez kolejne osiem sezonów (trzykrotnie ocierała się o awans w 2006, 2007 i 2009).
W sezonie 2009/2010 zespół zajął 2. miejsce w rozgrywkach I ligi i awansował do PLKhttp://www.kosz.sport24.pl/news/show/123202/i-liga/intermarche-dolacza-do-siarki..