To on był głównym projektodawcą ostatecznego rozwiązania kwestii kozackiej, a jego pomysły spotykały się z pełnym uznaniem i aprobatą cesarzowej.
Na jego wniosek Katarzyna II Wielka wydała dekret o zmianie nazwy „Kozacy jaiccy” na „Kozacy uralscy”, rzekomo na prośbę samych członków owej wspólnoty, którzy mieli żywić szczere pragnienie nieutożsamiania ich z powstańcami Jemieliana Pugaczowa. Posiadłości Kozaków dońskich zaś, wraz ze stolicą, Czerkaskiem włączono do nowo powstałej guberni azowskiej, której generał-gubernatorem został właśnie Potiomkin. Zmieniono przy tym nazwę Stanicy Zimowiejskiej na Stanicę Potiomkinowską. Jego działania zmierzały do tego, aby uczynić z Kozaków dońskich nieregularną armię, która byłaby mu podporządkowana, a jednocześnie nie sprawiała już więcej kłopotów Imperium. Co do Kozaków nadwołżańskich, jednych z najaktywniejszych działaczy niedawnego powstania, zalecał przesiedlenie ich na Kaukaz.
Groźną dla caratu, najlepiej zorganizowaną i posiadająca stare, głębokie tradycje hajdamackiej wolnościowe, wykształcone jeszcze w Rzeczypospolitej, była w tym czasie Sicz Zaporoska.