Strajk zakończył się masakrą protestujących.
Biko został aresztowany 18 sierpnia 1977 pod zarzutem terroryzmu (jego organizacja Black Consciousness była nazywana przez rząd RPA Black Nazi'''), na podstawie ustawy o terroryzmie. Na jej podstawie od roku 1950 aresztowano ponad 40 000 czarnych. Biko, zgodnie z tym prawem, mógł być przetrzymywany w celi bez ograniczenia czasowego. Przez 24 dni był przesłuchiwany i torturowany (głodzony, bity, przywiązywany na cały dzień do kraty okiennej). 11 września, po utracie przytomności, został przewieziony samochodem do więzienia w Pretorii, gdzie następnego dnia zmarł.
Rząd RPA oświadczył, że przyczyną śmierci Biko był strajk głodowy, jednak sekcja zwłok wykazała śmierć z powodu uszkodzenia mózgu. Wieść o jego śmierci szybko rozeszła się po świecie, na jego pogrzeb zjechało wielu dziennikarzy, polityków i dyplomatów, także z Europy Zachodniej i Stanów Zjednoczonych. Mimo że policja starała się, aby jak najmniej ludzi dostało się na pogrzeb Biko, stawiło się na nim ponad 15 000 ludzi.