W trakcie procesu postawiono Asaharze 17 zarzutów. Według prokuratorów ponosił on swoimi decyzjami bezpośrednią odpowiedzialność za śmierć 27 osób zamordowanych przez członków sekty. Proces wzbudzał liczne kontrowersje na całym świecie: krytykowano aresztowanie głównego adwokata sekty, Yoshihiro Yasudy, czym de facto pozbawiono Asaharę możliwości skutecznej obrony. Organizacja Human Rights Watch wyrażała głośne niezadowolenie dotyczące nieludzkich warunków, w jakich przetrzymywany był Asahara. Ostatecznie jednak, po długim procesie, udowodniono 13 z 17 postawionych mu zarzutów i 27 lutego 2004 roku skazano na śmierć przez powieszenie. Shōkō Asahara, oczekujący w celi śmierci na wykonanie wyroku, złożył apelację, jednak 15 września 2006 roku sąd apelacyjny ostatecznie potwierdził wyrok sądu niższej instancji, od którego odwoływali się obrońcy Asahary.