W średniowieczu, najpierw w rękach Bizancjum, później łacinników i Wenecjan, wreszcie Turków Osmańskich, miasto niemal zupełnie straciło dawne znaczenie, zaś prym wiodły porty Larnaka, Kirenia i Famagusta, natomiast rolę głównego ośrodka administracyjnego wyspy przejęła Nikozja. W 1103 r. w Pafos przebywał w drodze do Ziemi Świętej król Danii Eryk I, który tutaj zmarł i został pochowany w lokalnej bazylice (kościół uległ zniszczeniu podczas trzęsienia ziemi). Obecnie na tym miejscu znajduje się tablica pamiątkowa ku czci króla. Sytuacja Pafos jako mało ważnego miasteczka nie zmieniła się pod rządami Brytyjczyków, ani po odzyskaniu niepodległości przez Cypr w latach 60. XX wieku. Dopiero interwencja Turcji w 1974 r., a w konsekwencji utrata takich miast jak Kirenia i Famagusta przez Republikę Cypryjską na rzecz Cypru Północnego skłoniła rząd południowocypryjski do inwestycji w Pafos, dzięki czemu miasto jest dziś ważnym kurortem wypoczynkowym południowej części wyspy.