W 2004 roku Pogoń awansowała do III ligi, a w 2006 roku spadła do IV ligi.
W 2011 roku, grając w IV lidze, Pogoń odniosła serię sukcesów w pucharze regionalnym, w tym pokonała trzecioligową Stal Mielec 3–2 w półfinale, awansując do finału. W finale Pogoń zwyciężyła z Strumyk Malawa 2–1, zdobywając puchar.
W sezonie 2014/2015 roku Pogoń nie otrzymała licencji na grę w IV lidze i została zdegradowana do klasy okręgowej, gdzie do 2026 roku nieprzerwanie rozgrywała swoje mecze.
18 marca 2025 roku Pogoń Leżajsk rozegrała swój pierwszy mecz na nowym stadionie. Zmierzyła się ze Stalą Gorzyce w półfinale regionalnego Pucharu Polski w okręgu Stalowa Wola, przegrywając 1–3. Na meczu obecnych było około 1000 kibiców.
16 maja 2026 roku Pogoń Leżajsk rozegrała swój 25. mecz sezonu, wygrywając 3:0 z Jeziorak Chwałowice i oficjalnie zapewniając sobie awans do IV ligi po 11 latach.
Stadion Stadion Miejski w Leżajsku, oficjalnie otwarty w marcu 2025 roku, jest wielofunkcyjnym kompleksem sportowym, na którym swoje mecze domowe rozgrywa Pogoń Leżajsk. Znajduje się przy ulicy Sportowej 1. Inne używane nazwy stadionu to Stadion Miejskiego Klubu Sportowego Pogoń Leżajsk oraz Stadion MOSiR Pogoń Leżajsk.