Od samego początku swojej kadencji na stanowisku zwierzchnika Kościoła Starokatolickiego biskup Szypold spotykał się z dużą niechęcią nie tylko katolików i polskokatolików, ale również własnych duchownych i wiernych. Podnoszono kwestię, że nie jest prawnym następcą arcybiskupa Farona, bowiem nie został wybrany przez niego na swojego następcę. W archiwach IPN można odnaleźć także bardzo negatywne opinie dotyczące postawy moralnej Szypolda. Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego w Warszawie informowało, że Zygmunt Szypold w zamian za korzyści majątkowe zwalnia przypadkowe osoby od służby wojskowej, wydając im zaświadczenia, że są klerykami i tym samym nie podlegają obowiązkowemu wówczas poborowi. Śledczy posiadali również dane, z których wynikało wprost, że Szypold uprawia ze swoimi klerykami homoseksualizm, urządzając w swojej rezydencji co wieczór orgie. Miał też posiadać dwie kochanki: matkę z córką, która pełniła rolę jego gosposi.