Ostatnie miesiące życia Kościół rzymskokatolicki wykorzystał fakt, iż ostatniego namaszczenia biskupowi Szypoldowi udzielił szpitalny kapelan, gdy ten nieprzytomny umierał w środku nocy. Ogłoszono, że Zwierzchnik Kościoła Starokatolickiego dokonał rekoncyliacji na łożu śmierci, czego zaprzeczeniem są m.in. wspomnienia siostry zmarłego biskupa, która zaprzecza tym doniesieniom. Pod koniec życia ks. bp Szypold przesłał list do Ignacego Jana Wysoczańskiego, w którym napisał: „Ponieważ czuję się już bardzo źle i chyba Bóg ten najsprawiedliwszy Sędzia powoła mnie niedługo przed swój tron, aby zdać przed Nim rachunek, dlatego chciałem na wypadek mojej śmierci przekazać Ci mój Drogi Kolego w testamencie zajmowane przeze mnie stanowisko w naszym Kościele Starokatolickim. Dlatego wolą moją jest abyś Ty jako mój jedyny Kolega Współpracownik przez ostatnie kilkanaście lat życia był na wypadek śmierci jedynym moim następcą i zastępcą jako naczelny Biskup naszego świętego Kościoła Starokatolickiego prawdziwie Chrystusowego. List ten pisany w formie testamentu i faktycznie będący moim testamentem w sprawach kościelnych”. Tym samym, jedynym prawowitym następcą biskupa Szypolda stał się arcybiskup Wysoczański. Zygmunt Szypold po śmierci został pochowany na cmentarzu św.