Kościół Wyznający odrzucił jakąkolwiek współpracę z popieranymi przez Hitlera duchownymi, których uznał za „odstępców od wiary”.

Kościół Wyznający miał duże poparcie ludności: na zjeździe we Frankfurcie nad Menem w 1934 roku wzięło udział ponad 12 000 osób. W Hesji-Nassau ponad połowa duchownych ewangelickich odmówiła podporządkowania się Hitlerowi. Dużym poparciem cieszył się Kościół Wyznający także na Śląsku. Całe Niemcy podzieliły się na zwolenników i przeciwników nowego Kościoła. Pronazistowscy duchowni ogłosili go organizacją nielegalną i antypaństwową, zakazali niepodporządkowanym duchownym odprawiania nabożeństw w kościołach. Kościół Wyznający zaczął działać w ukryciu; zebrania odbywały się na przykład w halach fabrycznych i stodołach. Coraz więcej ludzi, obawiając się szykan i represji odchodziło z Kościoła.

Podczas kolejnego synodu w Bad Oeynhausen w lutym 1936 roku Kościół Wyznający podzielił się na dwie frakcje: większość zgodziła się na podporządkowanie hitlerowskiemu państwu, radykalna mniejszość kontynuowała działalność w konspiracji i nie miała już żadnego wpływu na politykę Niemiec.