Starsza część kompleksu została zbombardowana w czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939. Została spalona, a następnie częściowo rozebrana. Pozostawiono jedynie fragment budynku wzdłuż ulicy Nalewki. W marcu 1943 w pobliżu kompleksu, na skrzyżowaniu ulic Bielańskiej i Długiej z ul. Nalewki, miała miejsce akcja pod Arsenałem.
Podczas powstania warszawskiego w sierpniu 1944 roku nowsza część Pasażu Simonsa stanowiła polską redutę blokującą Niemcom dostęp do Starego Miasta. W jej piwnicach znajdował się powstańczy punkt sanitarny oraz schron dla ludności cywilnej. Gmach był wielokrotnie bombardowany i ostrzeliwany, a 19 lub 20 sierpnia został poważnie uszkodzony wybuchem pojazdu Borgward IV. 31 sierpnia budynek uległ zawaleniu wskutek nalotu niemieckich stukasów. Pod gruzami zginęło ok. 300 osób, w większości broniących reduty żołnierzy batalionu „Chrobry I”.
Po 1944 roku Po wojnie żadna z części Pasażu Simonsa nie została odbudowana. W 1947 roku z ruin i piwnic nowszej części wydobyto 99 ciał.
Po gmachu pozostały ślady w postaci szczątków konstrukcji (fragmenty żelbetowych słupów) oraz zawalone piwnice.