W 2005 roku Balzaretii za darmo odszedł do lokalnego rywala zespołu "Granata" – Juventusu. W debiutanckim sezonie dla nowego klubu włoski obrońca wystąpił w 20 spotkaniach Serie A oraz zadebiutował w Lidze Mistrzów. Razem z Juve wywalczył mistrzostwo Włoch, które w wyniku afery Calciopoli zostało mu jednak odebrane. W następnym sezonie Balzaretti brał udział w 37 z 38 ligowych pojedynków, a 17 lutego 2007 roku w wygranym 5:0 meczu z FC Crotone strzelił swojego pierwszego gola w profesjonalnej karierze. W lipcu włoski piłkarz odszedł do Fiorentiny, jednak rozegrał dla niej tylko sześć spotkań.
W trakcie zimowego okienka transferowego, 25 stycznia 2008 roku Balzaretti przeszedł do US Palermo. Działacze "Aquile" zapłacili za niego 3,8 miliona euro, tyle samo, za ile Włoch został wcześniej kupiony do Fiorentiny. 18 października 2009 roku strzelił zwycięską bramkę w wygranym 2:1 spotkaniu przeciwko Livorno Calcio.
W 2012 roku Balzaretti zasilił klub AS Roma, jednak wcześniej był bardzo blisko przenosin do Paris Saint-Germain. 12 sierpnia 2015 roku ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej.