zwołano synod, który uregulował przepisy związane z wielkim postem, komunią Wielkanocną i prawem małżeńskim.
W czasie konfliktu z królem angielskim Wilhelmem II, podczas oblężenia zamku Alnwick 13 listopada 1093 r. zginął mąż Małgorzaty i ich najstarszy syn, Edward. Małgorzata natomiast, która od pewnego czasu chorowała, zmarła trzy dni później, 16 listopada 1093 na zamku w Edynburgu. Spoczywa w opactwie benedyktyńskim w Dunfermline.
Jej syn król Dawid I rozbudował kościół opactwa, grób zaś Małgorzaty stał się miejscem licznych pielgrzymek, których intensywność wzrosła, gdy papież Innocenty IV w 1250 r. zezwolił na kult relikwii królowej.
Małżeństwo Malcolma z Małgorzatą poprawiło sytuację anglosaskiej społeczności, którą władał, a pod rządami synów Małgorzaty – Edgara, Aleksandra I i Dawida I, szkocki dwór królewski stał się bardziej podobny do dworów ich anglonormańskich i kontynentalnych sąsiadów.
Małgorzata i Malcolm mieli ośmioro dzieci – sześciu synów i dwie córki: Edwarda (ok. 1070 - 1093), księcia Szkocji; Edmunda (ok. 1071 - 1097), króla Szkocji; Ethelreda (zm.