Jonathan Zebina (ur. 19 lipca 1978 w Paryżu) – francuski piłkarz grający na pozycji obrońcy.
Kariera klubowa Zebina zaczął karierę AS Cannes w 1996. W 1998 przeszedł do Cagliari Calcio, a w 2000 do AS Roma. W 2004, po objęciu stanowiska trenera Juventusu przez Fabio Capello, przeszedł razem z nim do turyńskiego zespołu. 31 sierpnia 2010 roku za porozumieniem stron Jonathan rozwiązał kontrakt z Juventusem. 31 sierpnia 2010 Zebina został graczem Brescii. W sezonie 2011/2012 grał w Stade Brestois 29, a w latach 2012–2014 w Toulouse FC. Karierę kończył w 2015 w AC Arles-Avignon.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki Rozgrywki Europy Mecze Bramki 1996/97 AS Cannes
Division 1 6 0 – – – 1997/98 AS Cannes
Division 1 21 0 – – – 1998/99 Cagliari Calcio
Serie A 22 0 – – – 1999/00 Cagliari Calcio
Serie A 26 0 – – – 2000/01 AS Roma
Serie A 22 0 Liga Europy UEFA 4 0 2001/02 AS Roma
Serie A 24 0 Liga Mistrzów UEFA 10 0 2002/03 AS Roma
Serie A 19 0 Liga Mistrzów UEFA 8 0 2003/04 AS Roma
Serie A 23 1 Liga Europy UEFA 7 0 2004/05 Juventus F.C.
Serie A 24 0 Liga Mistrzów UEFA 6 0 2005/06 Juventus F.C.
Serie A 10 0 Liga Mistrzów UEFA 2 0 2006/07 Juventus F.C.
Serie B 24 0 – – – 2007/08 Juventus F.C.
Serie A 16 0 – – –