Planowany na wrzesień mecz z Okęciem Warszawa nie doszedł do skutku, gdyż rozpoczęła się II wojna światowa i zakazano jakichkolwiek rozgrywek sportowych. Jednak mecze odbywały się nielegalnie na błoniach za lasem komunalnym i w innych miejscowościach (m.in. Dębica, Kolbuszowa, Sandomierz). Jedyny oficjalny mecz został rozegrany z niemiecką jednostką wojskową i zakończył się wynikiem 1:2.
1945–1960 – B-klasa, A-klasa, II liga po raz pierwszy Oficjalna działalność została wznowiona po wojnie w 1945 pod nazwą RKS PZL „Zryw” Mielec. W 1946 zespół przystąpił do rozgrywek B-klasy, a w 1949 uzyskał awans do A-klasy dzięki pierwszemu miejscu w B-klasie.
Od początku lat 50. zaczęto budować drużynę która miała skutecznie powalczyć o awans do II ligi, czemu sprzyjał rozwój WSK zatrudniającego sportowców na korzystnych warunkach. W czerwcu 1950 drużyna po raz pierwszy wyjechała na zgrupowanie poza Mielec – do Spały. Mimo 1. miejsca w A-klasie w sezonie 1950, w rozgrywkach o II ligę zespół zajął 3. miejsce i z awansem trzeba było jeszcze poczekać. Przełomem okazał się rok 1954, kiedy drużyna zajęła 1. miejsce w swojej grupie A-klasy i awansowała do ligi międzywojewódzkiej rzeszowsko–lubelskiej (utworzonej w wyniku reformy rozgrywek). Zdobyła także Zimowy Puchar Miast.