Ten system jednak nie sprawdził się, ponieważ zespoły 1–2 oraz 7–8 miały długą przerwę w rozgrywaniu spotkań, co miało obniżyć ich szansę z drużynami, które do meczów z nimi przystępowały „z marszu”.
Sezon 2006 przyniósł rewolucyjne zmiany. Zgodnie z zasadą Unii Europejskiej o swobodnym przepływie siły roboczej pracowników, otwarto rynek na obywateli innych państw. Dotąd w różnych sezonach ograniczano ilość obcokrajowców w meczu do 1 lub 2. Od roku 2006 drużyny mogły kontraktować dowolną ilość obcokrajowców (stranieri). Pozostawiono jednak przepis, że w meczu drużynę może reprezentować tylko dwóch stałych uczestników cyklu Grand Prix.
Pozostawiono przepis o punkcie bonusowym. Zrezygnowano jednak z play-offów i powrócono do podziału ligi na dwie grupy w rundzie finałowej (tutaj także można było zdobyć punkt bonusowy).
Rozgrywki w 2007 przyniosły kolejne poważne zmiany. Był to pierwszy sezon w pełni zawodowej ligi. Prowadzenie rozgrywek przejęła Ekstraliga Żużlowa. Wszystkie kluby chcące występować w lidze musiały zmienić swój status prawny i ze stowarzyszeń przekształcić się w spółki akcyjne (SA), bądź sportowe spółki akcyjne (SSA). Zasady wyłonienia mistrza zmieniły się i zastosowano nigdzie dotąd niestosowaną innowacyjną formułę play-offów.