Po krótkiej przerwie, w której był dyrektorem sportowym Paris FC, w roku 1998 rozpoczął pracę z Boca Juniors. W latach 1998 i 1999 zdobył mistrzostwo Argentyny, po czym w roku 2000 zdobył Copa Libertadores pokonując w rzutach karnych SE Palmeiras oraz Puchar Interkontynentalny wygrywając z osławionym Realem Madryt. W roku 2001 z takimi znanymi zawodnikami w składzie jak Martín Palermo, Óscar Córdoba i Juan Román Riquelme znów zdobył Copa Libertadores; tym razem jednak przegrał Puchar Interkontynentalny z Bayernem Monachium.

Po kolejnym roku przerwy znów został zatrudniony przez Boca Juniors i od razu zdobył z nimi kolejne mistrzostwo Argentyny, Copa Libertadores i Puchar Interkontynentalny. Po porażce w finale Copa Libertadores w 2004 Bianchi zrobił sobie roczną przerwę od piłki nożnej żeby poświęcić się swojej rodzinie.

W maju 2005 roku zaprzeczył jakimkolwiek kontaktom z Olympique Lyon. „Nic mi o tym nie wiadomo. Lyon się ze mną nie kontaktował, ale jestem dostępny”.

W sezonie 2005/2006 trenował Atlético Madryt. Od 1 stycznia 2013 powrócił na ławkę trenerską Boca Juniors.

Bianchi był wielokrotnie wybierany najlepszym trenerem Ameryki Południowej oraz najlepszym trenerem klubowym świata.