Gracz może ustalać też dystrybucję dochodów uzyskiwanych z podatków oraz handlu; są one przeznaczane albo na rozwój poszczególnych technologii (lądowej, morskiej, w dziedzinie infrastruktury i handlu), albo na odbudowę zaburzonej stabilności kraju (która wpływa na prawdopodobieństwo wystąpienia buntów przeciwko władcy), albo trafiają do skarbca. Zgromadzone w nim pieniądze można przeznaczyć na rozbudowę utrzymywanej armii i floty, ustanawianie nowych urzędów w poszczególnych prowincjach (co powoduje wzrost podatków) oraz budowanie manufaktur przyspieszających rozwój technologiczny państwa. Gospodarkę kraju gracz może rozwijać również poprzez wysyłanie kupców do centrów handlu, co przynosi dodatkowe zyski, a także przez kolonizację zamorskich terenów.
Znaczącą rolę odgrywa w Europie Universalis II dyplomacja. Gracz przy jej użyciu może dokonywać pokojowej ekspansji poprzez zawieranie królewskich mariaży, wasalizację innych państw oraz ich pokojową aneksję. Do dyspozycji gracza oddane są również środki wręcz przeciwne – stosowanie obelg pogarszających stosunki dyplomatyczne, nakładanie embarga handlowego, czy też wypowiadanie wojny. Walka, tak jak w pierwszej części serii, jest częścią rozgrywki, na którą gracz nie ma znaczącego wpływu.