W początku 1647 otrzymał nominację na wojewodę chełmińskiego, w kwietniu 1647 złożył przysięgę senatorską. W maju 1647 r. brał udział w obradach sejmu. W październiku 1647 r. wraz z senatorami pruskimi, przedstawicielami szlachty i posłami wielkich miast uczestniczył w Toruniu w spotkaniu z Władysławem IV. Król potwierdził przywileje prowincji, w zamian za co wpłaciła ona do skarbu królewskiego 100 tys. złotych polskich.
Był znany z porywczego charakteru, często wdawał się w rozmaite procesy sądowe (z Wejherami, Krokowskimi, a nawet z chłopami starostwa puckiego).
Odznaczał się gorliwością religijną. Występował w obronie katolików w miastach pruskich. Odrestaurował i wyposażył zniszczone w czasie najazdu szwedzkiego kościoły w Okoninie i Rogoźnie. W farze grudziądzkiej wzniósł kaplicę rodową. Ufundował kolegium jezuickie w Grudziądzu, zapisując w 1641 r. na jego potrzeby dobra Jabłonowo oraz klasztor benedyktynek w Grudziądzu.
Dwukrotnie wchodził w związki małżeńskie, najpierw z Anną Kuczborską, a w 1617 z Justyną Knutówną, wdową po wojewodzie chełmińskim Ludwiku Mortęskim. Nie miał potomstwa.
Jan Działyński zmarł w Pokrzywnie 11 marca 1648 r. Został pochowany przy południowej ścianie kościoła pod wezwaniem św.