Klimat Cuszima posiada morski klimat podzwrotnikowy, pozostający pod silnym wpływem wiatrów monsunowych. Średnia temperatura powietrza wynosi 15,5 °C, a średnie roczne opady – 2133 milimetrów. Najwyższą zanotowaną temperaturą było 36,0 °C w 1966, a najniższą –8,6 °C w 1895. W czasie roku temperatura na Cuszimie jest przeważnie o jeden lub dwa stopnie Celsjusza niższa niż w Nagasaki. Opady są zazwyczaj wyższe niż na głównych wyspach Japonii, co przypisuje się różnicy w ich rozmiarach. Ze względu na niewielkie rozmiary i izolację, Cuszima jest wystawiona ze wszystkich stron na wilgotne morskie powietrze, które wznosi się napotykając strome zbocza wysp, powodując opady. Kontynentalne wiatry monsunowe niosą ze sobą less z Chin na wiosnę i schładzają wyspy zimą. Pora deszczowa zaczyna się i kończy później niż w innych rejonach prefektury Nagasaki. Cuszima rzadko jest nękana bezpośrednimi uderzeniami tajfunów.