Dekada sukcesów „Złoty okres” klubu przypadł na lata 80. XX wieku, gdy „Bohemka” stała się czołową drużyną czechosłowackiej ekstraklasy. Pomiędzy sezonami 1979/80 i 1986/87 tylko raz nie znalazła się na ligowym podium, a w edycji 1982/1983 wywalczyła pierwsze i jedyne mistrzostwo kraju. Ponadto w 1982 zagrała w finale Pucharu Czechosłowacji, ulegając 4:1 Slovanowi Bratysława. Dopełnieniem najlepszego czasu w historii „Klokanów” był sukces w europejskich pucharach. W sezonie 1982/83 dotarli oni bowiem do półfinału Pucharu UEFA, przegrywając z późniejszym tryumfatorem – Anderlechtem (0:1 i 1:3).
Bankructwo W 1993 sekcja piłkarska odłączyła się od wielosekcyjnego TJ Bohemians Praga, stając się odrębnym podmiotem prawnym o nazwie FC Bohemians Praga, a z czasem spółką akcyjną. Od tego czasu zespół dwa razy spadał z czeskiej ekstraklasy i dwukrotnie do niej wracał. Trzecia relegacja do II ligi nastąpiła w edycji 2002/03, a sezon później nie powiodła się próba awansu do najwyższej klasy rozgrywkowej. Na domiar złego, w wyniku kilkuletniego fatalnego zarządzania, klub popadł w poważne problemy finansowe. Wobec braku spłat wierzycieli, a na koniec 2004 jego dług szacowano na 40 mln koron. Z tego powodu, 1 lutego 2005 spółka ogłosiła upadłość.