Był członkiem słowackiej delegacji do Zgromadzenia Parlamentarnego Rady Europy (1994–2005) oraz jej przewodniczącym (1999–2001). Od 2003 pełnił funkcję obserwatora w Parlamencie Europejskim, od maja do lipca 2004 sprawował mandat eurodeputowanego V kadencji w ramach delegacji krajowej.
W latach 1994–1996 stał na czele klubu parlamentarnego Partii Demokratycznej Lewicy (SDĽ), był także wiceprzewodniczącym tego ugrupowania (1996–1999). W 1999 założył własną partię o charakterze socjaldemokratycznym SMER, zostając jej przewodniczącym, a także przewodniczącym frakcji parlamentarnej.
W 2006 jego ugrupowanie wygrało wybory parlamentarne. Robert Fico zawarł koalicję z L’S-HZDS Vladimíra Mečiara i Słowacką Partią Narodową Jána Sloty (na skutek sojuszu z nacjonalistami SMER został czasowo zawieszony w prawach członkowskich w Partii Europejskich Socjalistów). 4 lipca 2006 objął urząd premiera Słowacji. W 2010 jego partia ponownie zwyciężyła w wyborach parlamentarnych, jednak nie zdobyła większości miejsc w parlamencie. 14 czerwca 2010 prezydent Słowacji Ivan Gašparovič powierzył mu zadanie sformowania nowego rządu. Nie zdołał jednak utworzyć koalicji i 23 czerwca 2010 zrezygnował z misji. 8 lipca 2010 złożył na ręce prezydenta swoją dymisję.