W 2010 roku Mahdawikia wrócił do Iranu i został piłkarzem klubu Steel Azin Teheran. W lipcu 2011 roku Mahdavikia przeniósł się do klubu Damash Gilan FC. 31 grudnia 2011 roku wrócił po prawie 14 latach do Persepolis.
29 listopada 2013 roku ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Iranu Mahdawikia zadebiutował w 1996 roku w meczu przeciwko Irakowi. W 1998 wystąpił z drużyną narodową na Mistrzostwach Świata, które Iran zakończył na fazie grupowej. Mehdi zdobył bramkę w wygranym 2:1 meczu grupowym przeciwko Stanom Zjednoczonym. W 2003 został wybrany przez AFC najlepszym piłkarzem Azji. Na Pucharze Azji w 2004 w Chinach zaliczył najwięcej asyst, a jego drużyna zajęła 3. miejsce w turnieju. W 2005 Mahdawikia w dużym stopniu przyczynił się do awansu swojej reprezentacji na Mistrzostwa Świata 2006, szczególnie w trudnym meczu przeciwko Bahrajnowi, wygranym 1:0. W 2006 Mehdi zaliczył występy w fazie grupowej Mistrzostw Świata, jednak Irańczycy wrócili z turnieju bez zwycięstwa. Mahdawikia jest uważany przez wielu za najlepszego następcę Alego Daei na stanowisku kapitana reprezentacji Iranu, dla której Mehdi rozegrał już 104 meczów i zdobył 12 bramek. Został dożywotnio zdyskwalifikowany z gry w kadrze narodowej po tym, jak założył zieloną opaskę na meczu z Koreą Płd.