Trzy samoloty tej wersji przebudowano od 1955 z Tu-16A
Nosiciele pocisków Tu-16KS (Badger B) – morski samolot uderzeniowy, uzbrojony w 2 kierowane ciężkie pociski odrzutowe powietrze-woda KS-1 Kometa o zasięgu 90 km, samonaprowadzane radiolokacyjnie, podwieszane pod skrzydłami (system uzbrojenia przejęty z Tu-4K). Załoga – 7 osób. Aparatura naprowadzania wraz z operatorem mieściła się na miejscu komory bombowej. Wyposażony był w stację radiolokacyjną wykrywania celów Kobalt-M w komorze bombowej, wysuwaną w dół. Prędkość z podwieszonymi pociskami wynosiła do 575 km/h, promień działania samolotu wynosił 1800 km. Próby prowadzono od 1954, w latach 1954–1958 zbudowano ich 107, w tym 59 Tu-16KS(ZA) przystosowanych do tankowania w locie. 65 następnie przebudowane na nosiciele pocisków KSR-2 i KSR-11 (reszta – ok. 40 sprzedane za granicę).