Nie wiadomo jednak, czy te fragmenty pisane literami łacińskimi były częścią oryginalnego tekstu, czy zostały dodane w późniejszym czasie.
thumb|Sekcja zielarska zawiera ilustracje roślin thumb|Sekcja biologiczna zawiera zwarty tekst i ilustracje przedstawiające kąpiące się nagie kobiety thumb|Szczegół z ilustracji w sekcji biologicznej
Ilustracje Manuskrypt zawiera wiele ilustracji. Nie rzucają one światła na treść manuskryptu, jednak pokazują, że księga składa się z sześciu sekcji, różniących się stylem i treścią. Prawie na każdej stronie widnieje co najmniej jedna ilustracja, z wyjątkiem ostatniej sekcji, która składa się wyłącznie z tekstu. Manuskrypt zawiera następujące sekcje:
Zielarska – na każdej stronie znajduje się jedna lub dwie ilustracje rośliny oraz tekst. Jest to typowy format europejskich zielników z tamtego okresu. Niektóre rysunki stanowią większe i wyraźniejsze kopie szkiców, znajdujących się w sekcji farmaceutycznej. Identyfikacja tych roślin nie powiodła się.