Reakcja służb była tylko kwestią czasu.
Kolejne miesiące mijały, a lista sław odwiedzających klub robiła się coraz dłuższa. Paul Newman, Keith Richards (który poznał tam swoją żonę), Tina Turner, Bill Murray, Sylvester Stallone, John F. Kennedy Jr., Salvador Dali, Diana Ross, Elton John, Lou Reed, Donna Karan, Alice Cooper, Michael Caine, John Belushi czy Muhammad Ali.
Koniec 14 grudnia 1979 roku agenci federalni weszli do Studia. W ścianach znaleźli ukryte setki tysięcy dolarów, a Rubell i Schrager wkrótce mieli zostać oskarżeni o oszustwa podatkowe i skazani na 18 miesięcy więzienia. Mimo kłopotów sylwestrowa impreza roku 1979 jak zwykle okazała się sukcesem, jeszcze w styczniu Giorgio Armani wyprawił tam swoje urodziny. 2 lutego 1980 roku zorganizowano Going Away Party – imprezę pożegnalną dla Rubella i Schragera. Dwa dni później zaczęli odsiadywać swój wyrok. Oficjalnie klub zamknięto w marcu. Plotka głosi, że ostatniego drinka wypił tam Sylvester Stallone. W listopadzie Studio zostało sprzedane Markowi Flaishmanowi za 4,75 miliona dolarów. Rubell i Schrager zostawili sobie rolę konsultantów. Z więzienia wyszli wcześniej – 30 stycznia 1981 roku. Studio 54 ponownie otwarto 12 września tego samego roku. Pod tą nazwą działało jeszcze 5 lat i choć przyciągało liczną klientelę, już nigdy nie odzyskało dawnego statusu.