Kariera trenerska Pracę trenerską Hitzfeld rozpoczynał w Szwajcarii. Jego pierwszym trofeum był wywalczony w 1988 krajowy puchar z FC Aarau. Sukces ten spowodował zatrudnienie Hitzfelda przez lepszy klub, Grasshoppers Zurych, z którym w 1989 powtórzył osiągnięcie sprzed roku, zaś w 1990 wywalczył dublet – puchar i mistrzostwo Szwajcarii. W 1991 w dobrym stylu obronił mistrzowski tytuł i został doceniony przez kluby Bundesligi. Szybko został szkoleniowcem Borussii Dortmund, gdzie długo pracował bez większych sukcesów, jednak po zdobyciu w 1995 mistrzostwa Niemiec Borussia znalazła się na fali wznoszącej. W 1996 ponownie wywalczył mistrzostwo, zaś w 1997 pokonał w finale Ligi Mistrzów w Monachium Juventus F.C. 3:1, dzięki czemu Borussia Dortmund stała się trzecim niemieckim zdobywcą Pucharu Europy. W 1997 Hitzfeld został wybrany przez FIFA trenerem roku na świecie i opuścił klub z Dortmundu. Od 1998 pełnił funkcję szkoleniowca Bayernu Monachium, z którym również osiągnął pasmo sukcesów. Czterokrotnie (1999, 2000, 2001, 2003) był mistrzem Niemiec, trzykrotnie (2000, 2003, 2008) wywalczył Puchar Niemiec, Puchar Ligi niemieckiej 2007 jednak najbardziej spektakularny sukcesy odnosił w Lidze Mistrzów. W 1999 dotarł do finału, w którym Bayern Monachium przegrał w dramatycznych okolicznościach z Manchesterem United.