Dewastacja cmentarza była kontynuowała po 1945. Rozebrano otaczające go pozostałości muru. Między 1948 a 1951 na polecenie władz ocalałe nagrobki wyrwano; część z nich wykorzystano jako materiał budowlany, a kilkadziesiąt tysięcy przygotowano do wywiezienia, zwożąc je traktorami w jedno miejsce. Teren nekropolii zalesiono. Planowano urządzenie tam parku rekreacyjnego. Te plany nie zostały zrealizowane, a cmentarz stał się miejscem spotkań miejscowego marginesu społecznego. Wypasano tam także krowy. Zmniejszono również powierzchnię nekropolii z 16,5 do 13,5 ha, m.in. o pas terenu od strony ulicy Rogowskiej.
Na początku lat 80. XX wieku planowano wzniesienie w centralnej części cmentarza pomnika Żydów warszawskich. Projekt nie został zrealizowany, zachował się jednak wzniesiony w tym czasie postument.
W latach 80. XX wieku nekropolia została odrestaurowana przez Fundację Rodziny Nissenbaumów. Cmentarz ogrodzono żelaznym parkanem, a od strony ul. św. Wincentego wzniesiono monumentalną bramę. Tworzą ją dwa pylony z płaskorzeźbami autorstwa Dariusza Kowalskiego, Teresy Pastuszki i Leszka Waszkiewicza. Płaskorzeźby przedstawiają sceny z dziejów praskich Żydów. Od bramy w głąb cmentarza przez las prowadzi brukowana centralna aleja.