W 200 r. p.n.e. Judea weszła w skład królestwa Seleucydów, wciąż zachowywała jednak znaczną autonomię. Przywództwo w Jerozolimie spoczywało w rękach żydowskiego arcykapłana, która to godność była dziedziczona. W latach 175–164 p.n.e. w królestwie Seleucydów sprawował rządy Antioch IV. Był on zwolennikiem hellenizacji Judei i sprofanował żydowską świątynię w Jerozolimie. Z Jerozolimy uczynił greckie miasto pod nazwą Antiochia Judejska. Żydzi podjęli walkę o niepodległość i po zwycięstwie Jerozolima (164 r. p.n.e.) stała się stolicą żydowskiego państwa Machabeuszy, rozpoczęły się rządy dynastii Hasmoneuszy.
W 67 r. p.n.e. Judeę podbili Rzymianie. Po długich walkach, w 63 r. p.n.e. opanowali również Jerozolimę. Rzymianie pozostawili Żydom swobodę w sprawach wewnętrznych. Władzę nad Judeą i Jerozolimą dzielili oni z królami z dynastii Herodów.
Około 30 r. n.e. w Jerozolimie ukrzyżowano Jezusa Chrystusa, uznawanego przez niektórych Żydów za długo oczekiwanego Mesjasza.