W 1967 roku Siły Obronne Izraela podbiły Jerozolimę. Aby zapewnić ochronę wszystkim miejscom kultu religijnego, Kneset przyjął 27 czerwca 1967 r. specjalną ustawę gwarantującą każdemu nieskrępowany dostęp do takich miejsc. Święte miejsca znajdują się pod administracją odpowiednich wspólnot religijnych. Odpowiedzialność za Kopułę Skały i meczet Al-Aksa, a także wszystkie meczety, muzułmańskie cmentarze i instytucje w mieście ponosi administracja muzułmańskiej straży świątynnej, tzw. Waqf. Równocześnie przystąpiono do odbudowy miasta.
W 1967 muzułmanie ponownie uczynili Jerozolimę centralnym punktem swojego politycznego programu. Jerozolima stała się głównym motorem mobilizującym opinię świata arabskiego. Pożar w meczecie Al-Aksa w 1969 stał się dla króla Jordanii pretekstem do zwołania zebrania przywódców 25 muzułmańskich państw i założenia Organizacji Współpracy Islamskiej.