Nadejście Spinoli Późnym latem 1603 r. wojska Albrechta wzmocnione zostały nowymi oddziałami pod dowództwem Ambrosio Spinoli, który przejął komendę nad armią oblężniczą 29 września. Dowódca ten posiadał niewielkie doświadczenie wojskowe, jednak dzięki studiowaniu licznych ksiąg zyskał znaczne kompetencje w szeregach dowództwa. Spinola zrezygnował z przeprowadzenia wielkiego szturmu, przygotowując swoje wojska do stopniowego podejścia do północnej części miasta przy wykorzystaniu urządzeń polowych. Stopniowym minowaniem Spinola burzył kolejne stanowiska obronne Ostendy, powodując, że otaczająca twierdzę linia cyrkumwalacyjna robiła się coraz ciaśniejsza.
Walki przynoszące Hiszpanom olbrzymie straty przyniosły im w końcu sukces. Dnia 4 kwietnia 1604 r. udało im się przeprowadzić niespodziewany atak na bastion piaszczysty. Obrońcy zmuszeni byli wycofać się poza drugi pierścień umocnień. Do lata 1604 r. również i te umocnienia padły łupem atakujących. Obrońcy wycofali się do prowizorycznie zbudowanej cytadeli w północno-wschodniej części miasta, wspieranej 4 bastionami. Aby utrzymać tę pozycję, obrońcy wzmocnili jej konstrukcję nie tylko piaskiem, ale także ciałami zabitych towarzyszy.