Sytuacja wkrótce się jednak skomplikowała. Alfons III zmarł nagle tuż przed wyjazdem do Rzymu. Tron Aragonii objął jego brat, król Sycylii, jako Jakub II. Nie zamierzał on respektować zobowiązań swojego brata. Został ekskomunikowany przez papieża. Wojna mogła więc rozgorzeć na nowo, jednak zapędy Jakuba zostały ostudzone przez Aragończyków, którzy mieli dość wojny o Sycylię. W 1292 r. Jakub zaproponował papieżowi spotkanie, jednak ten zmarł 4 kwietnia 1292 r. Tron piotrowy przez 2 lata pozostał nieobsadzony. W 1293 r. rozpoczęły się negocjacje Karola z Jakubem. Równocześnie Filip IV Piękny i jego brat prowadzili rozmowy z otoczeniem króla Aragonii. W 1294 r. Karol II doprowadził do wyboru na papieża Celestyna V. Był on całkowicie podległy jego woli, jednak po kilku miesiącach pontyfikatu zrzekł się urzędu. Zastąpił go Benedykt Gaetani, jako Bonifacy VIII. Pomimo zadawnionych sporów doszedł jednak do porozumienia z Karolem w sprawie rozwiązania kwestii sycylijskiej.