miejsce w sezonie regularnym i nie awansowała do fazy finałowej w związku z czym pod koniec marca 2012 roku, wrócił do Japonii wypełnić kontrakt. W lipcu 2012 roku rozwiązał kontrakt z JEF United i wrócił do Melbourne podpisując trzyletni kontrakt. Po zakończeniu sezonu 2014/2015 emiracki klub – Baniyas SC zaoferował kwotę miliona dolarów za Milligana, która była równa klauzuli odkupu. Australijczyk przeszedł do nowego klubu podpisując dwuletnią umowę. Po wypełnieniu umowy w Emiratach powrócił do Melbourne Victory podpisując roczny gwiazdorski kontrakt. Po zaledwie pół roku został po raz drugi w karierze sprzedany za kwotę miliona dolarów tym razem do klubu z Arabii Saudyjskiej – Al-Ahli Dżudda. Latem 2018 roku został zawodnikiem Hibernian F.C.
Kariera reprezentacyjna Milligan reprezentował Australię w Młodzieżowych Mistrzostwach Świata w 2005 roku w Holandii. W reprezentacji Australii Milligan zadebiutował 7 czerwca 2006 roku w meczu z reprezentacją Liechtensteinu wchodząc na boisko w 85 minucie. Obok Michaela Beauchampa został jednym z dwóch zawodników grających w A-League powołanych przez Guusa Hiddinka do 23-osobowej kadry na Mistrzostwa Świata w Niemczech.