Książę Herkules III także musiał opuścić swoje księstwo w którym następnie Bonaparte obalił monarchię i jego terytoria wcielił do Republiki Cisalpińskiej.
Na mocy traktatu pokojowego podpisanego w 1797 r. w Campo Formio, pomiędzy rewolucyjną Francją a Austrią, Herkules III otrzymał Księstwo Bryzgowii. Kiedy Herkules III zmarł w 1803 r. Ferdynand uzyskał prawa do tronu Księstwa Bryzgowii i Księstwa Modeny. Następnie na mocy traktatu pokojowego z Preszburgu Ferdynand zrzekł się praw do tronu Księstwa Bryzgowii na rzecz tronu Wielkiego Księstwa Badenii.
W 1806 r. Ferdynand zmarł w Wiedniu. W 1814 r. kongres wiedeński uznał prawa najstarszego syna Ferdynanda, Franciszka IV, do tronu Księstwa Modeny.
Małżeństwo i dzieci 15 października 1771 r. Ferdynand poślubił Marię Beatryczę d’Este (córkę Herkulesa III). Ze związku tego zrodziło się dziesięcioro dzieci: Józef Franciszek (ur./zm. 1772), Maria Teresa (ur. 1 października 1773, zm. 29 marca 1832), żona Wiktora Emanuela (król Sardynii), Józefa (ur. 13 maja 1775, zm. 20 sierpnia 1777), Maria Leopoldyna (ur. 10 grudnia 1776, zm. 23 czerwca 1848), żona Karola IV Teodora (elektora Palatynatu), Franciszek IV (ur. 6 października 1779, zm. 21 stycznia 1846), Ferdynand Karol (ur. 25 kwietnia 1781, zm. 5 listopada 1850), Maksymilian Józef (ur. 14 lipca 1782, zm.