Sezon 2006 rozpoczął bardzo udanie (wygrana w Turcji i we Francji), spotkał go jednak groźny upadek podczas GP Katalonii - stracił przytomność i odwieziono go do lekarza (w tym jednym z najgroźniejszych wypadków w ciągu ostatnich lat, brało udział jeszcze pięciu innych kierowców). Wielu uważało, iż sezon ten Marco powinien spisać na straty, jednak już w kolejnym wyścigu wystartował, a dwa tygodnie później stanął na podium. Dorobek Marco w sezonie 2006 to 228 punktów, czwarte miejsce w klasyfikacji generalnej (trzy zwycięstwa, jedno drugie miejsce i trzy trzecie miejsca na podium).
W 2008 roku przeszedł do zespołu Ducati Marlboro Team. Od roku 2009 reprezentował Team Hayate, jeżdżąc na motocyklu Kawasaki ZX-RR, a w sezonie 2010 San Carlo Honda Gresini. Obecnie reprezentuje fabryczny team BMW w serii WSBK.
7 lat później wrócił do królewskiej klasy jako zawodnik ekipy Aprilia. Biorąc udział w ośmiu wyścigach, nie zdobył punktów w żadnym z nich.
Statystyki Sezony SezonKlasaMotocyklZespółWyścigZwycięstwaPodiaPPNajsz.