Za tą drugą przemawiałaby osoba profesora, który zajmował się rewindykacją dzieł zagrabionych przez Niemców (dzięki niemu powrócił między innymi Ołtarz Wita Stwosza). Profesor mógł być naocznym świadkiem, jeśli nie sprawcą powrotu Madonny z Niemiec. Za pierwszą wersją natomiast przemawia fakt, że Madonna w czasie wojny stała na Wawelu w gabinecie gubernatora G. G. Hansa Franka. Stąd łatwa już droga do jakiejś składnicy. W latach 1942–1943 Niemiec o nazwisku Kneisel dokonał gruntownej restauracji rzeźby. Zrobił to w sposób niezwykle fachowy jak na tamte czasy. Zabezpieczył rzeźbę przed kornikami, położył nową polichromię na całej postaci z wyjątkiem twarzy i rąk.

Od 1947 do 1994 roku eksponowana była w Kamienicy Szołayskich. W latach 1995–2007 Madonna znajdowała się na Wawelu wśród innych zabytków średniowiecznych, zgromadzonych na wystawie „Sztuka cenniejsza niż złoto”. Obecnie eksponowana jest w Galerii Sztuki Dawnej Polski XII–XVIII wiek w Pałacu Ciołka, który został udostępniony zwiedzającym 19 października 2007.

Udział w wybranych wystawach W 1958 była Madonna w Gandawie (Belgia) na EXPO, gdzie zdobyła złoty medal na wystawie „Złoty wiek miast średniowiecznej Europy”.

W 1961 roku wyjechała do Bordeaux (Francja).