21 stycznia 2009 Benedykt XVI na prośbę samego Fellaya, a także w nadziei na pełną komunię z bractwem, zdjął ekskomunikę z biskupa. Nadal jednak ciąży na nim kara suspensy, co w myśl Prawa Kanonicznego nie pozwala mu sprawować sakramentówOd 24 maja 2017 jest upoważnienie do wyświęcanie kleryków, czyli udzielanie sakramentu kapłaństwa, bez zgody lokalnych biskupów.. 26 października 2009 rozpoczęły się rozmowy doktrynalne pomiędzy Rzymem a Bractwem (papież uzależnił przyszłe nadanie prałatury bractwu poprzez osiągnięcie pełnego porozumienia w kwestii doktryny). 14 września 2011 na spotkaniu przedstawicieli Bractwa (Bernard Fellay, Nikolaus Pfluger, Alain-Marc Nely) i Kongregacji Nauki Wiary (William Levada, Luis Ladaria Ferrer, Guido Pozzo) Stolica Apostolska przedłożyła Bractwu Preambułę doktrynalną, której akceptacja będzie oznaczała wierność Magisterium Kościoła. Odpowiedź na dokument została złożona w grudniu, ale wstępnie została uznana za niewystarczającą.
Na skutek zbliżenia z Rzymem oraz poprawiających się relacji wzrosło zaniepokojenie oraz niezadowolenie wśród części kapłanów i wiernych.