Po ustąpieniu papieża Benedykta XVI i po nowym konklawe, które 13 marca 2013 wybrało nowego papieża Franciszka, Fellay zareagował sceptycyzmem co do jego rządów określając go mianem „prawdziwego modernisty”. Mimo tego ponowił negocjacje z Watykanem w lipcu 2013, choć wyrażał się bardzo pesymistycznie o szansach porozumienia. Mimo dosyć liberalnych poglądów papieża Franciszka, 11 maja 2014 bp. Fellay zmienił zdanie o papieżu, który bardzo pozytywnie wypowiedział się o działalności Bractwa, zarówno w Argentynie gdzie poznał tych kapłanów osobiście, jak i na świecie, zapewnił również, że czytał biografię Marcela Lefebvego. Dialog pomiędzy bractwem a Watykanem został zintensyfikowany.
W odpowiedzi na konsekrację 19 marca 2015 Jean-Michel Faure na biskupa przez bp. Richarda Williamsona bez zgody papieża, bp Fellay potępił to zjawisko stwierdzając, że ta konsekracja różniła się od tej z 1988, wówczas to Lefebvre i Castro Mayer działali w wyższej konieczności, zaś tą konsekracją Williamson udowodnił, że traktuje władze papieża jedynie czysto teoretycznie (bp Williamson został ponownie ekskomunikowany).