Pod koniec sierpnia 2006 roku ponownie został tam trenerem, gdzie w sezonie 2007–2008 wywalczył pierwsze od dwudziestu pięciu lat mistrzostwo kraju.
Po tym sezonie, nie osiągnąwszy porozumienia z kierownictwem klubu odnośnie do podpisania nowego kontraktu, opuścił Standard i został trenerem innego belgijskiego pierwszoligowca – KAA Gent. Po dwóch sezonach spędzonych w Gent Michel przeniósł się do holenderskiego FC Twente. 13 czerwca 2011 roku został trenerem saudyjskiego klubu Al-Szabab Rijad. Dnia 21 września 2013 roku Preud’homme został trenerem Club Brugge, gdzie pracował do 30 czerwca 2017 roku.
1 lipca 2018 wrócił do Standardu jako wiceprezes oraz członek zarządu i jeszcze w tym samym dniu został tam trenerem i dyrektorem technicznym. Dwie ostatnie funkcje w tym klubie przestał pełnić 30 czerwca 2020, a dwie pozostałe dokładnie rok później.
Sukcesy piłkarskie Klubowe
Puchar Zdobywców Pucharów Mechelen: 1988 Superpuchar Europy Mechelen: 1988
Mistrzostwo Belgii Standard Liège: 1982 i 1983 Mechelen: 1989
Puchar Belgii Standard Liège: 1981 Mechelen: 1987
Puchar Portugalii Benfica: 1996
Reprezentacyjne 1/8 finału Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej: 1990, 1994
Indywidualne Piłkarz roku 1987 i 1989 w Belgii.
Sukcesy szkoleniowe Mistrzostwo Belgii Standard Liège: 2008