Rząd Vichy zmusił go do przeniesienia się do opactwa w Hautecombe koło Aix-les-Bains. 3 lutego 1944 został aresztowany przez Gestapo i internowany w Paryżu, a potem kolejno w klasztorach w Bar-le-Duc i Wiedenbrück (w Westfalii). W Paryżu był nakłaniany do podpisania kilku niemieckich odezw propagandowych skierowanych do Polaków w zamian za zwolnienie. Propozycje te spotkały się ze zdecydowaną odmową oraz oskarżeniem Adolfa Hitlera o spowodowanie tragedii narodu polskiego. August Hlond sformułował jednocześnie warunki, które w przyszłości określiłyby pojednanie między narodami polskim i niemieckim, uzależniając je od wyrzeczenia się przez Niemców zaborczych zamiarów (Drang nach Osten), naprawienia szkód i zajęcia pokojowej postawy wobec Polski i świata.

Po wyzwoleniu przez Amerykanów udał się do Rzymu, skąd, mimo sprzeciwu rządu w Londynie, 20 lipca 1945 wrócił do Poznania. 4 marca 1946 z jego inspiracji papież Pius XII rozwiązał istniejącą od 1821 unię personalną metropolii poznańsko-gnieźnieńskiej i utworzył nową warszawsko-gnieźnieńską, stawiając go na jej czele. Kardynał powołał Radę Prymasowską, która zajęła się odbudową kościołów Warszawy.